freee人事労務×freee会計で法人の給与計算を自動化する方法

蟹山昇宏税理士事務所（大阪・本町）が解説します。

freee給与計算×社会保険連携で法人の経理業務を自動化する方法

freee給与計算の自動化とは、従業員の勤怠データ・社会保険料・所得税を自動集計し、給与明細の作成から会計仕訳の生成まで一気通貫で処理できる仕組みです。

こんなお悩みはありませんか？

「毎月の給与計算で残業が増え、ほかの業務が後回しになっている」

「社会保険料の等級変更を見落として、手直しに時間を取られてしまった」

「給与明細を作っても、会計ソフトへの転記は別作業で二度手間になっている」

freee人事労務を使うと、勤怠・給与計算・社会保険・会計仕訳の4工程を連携させ、毎月の手入力をほぼゼロにできます。本記事では連携の仕組みと導入前に知っておきたい注意点を、大阪のfreee認定5つ星アドバイザーである当事務所が詳しくお伝えします。

1. freee給与計算の自動化とは何か？従来の手作業と何が違うのか

freee給与計算の自動化のポイントは、「入力→計算→仕訳」の3工程を人手を介さずにつなぐ点です。従来はExcelや専用ソフトへの転記が毎月発生していましたが、freee人事労務では勤怠データを取り込むだけで社会保険料・所得税の計算から給与明細の発行まで完結します。一般的に、クラウド給与計算ツールの導入で担当者の月次作業時間が数時間以上短縮されると言われており、当事務所のお客様事例でも同様の効果が報告されています。

法人が毎月こなす給与計算の5つの工程と典型的なミス

法人の給与計算は、次の5工程で構成されています。

勤怠データの集計：タイムカードや勤怠システムから出退勤時間を取りまとめる
支給額の計算：基本給＋残業代＋各種手当を算出する
社会保険料の控除計算：健康保険・厚生年金・雇用保険の保険料を差し引く
源泉所得税の算出：扶養人数・甲乙区分に応じて税額を確認する
明細発行と会計転記：給与明細を作成し、会計ソフトに仕訳を入力する

手作業でこなすと、どの工程でもミスが起きやすくなります。特に多いのが、社会保険料の等級変更を反映し忘れるケースです。9月改定の際に旧等級のまま計算を続け、過不足が生じるトラブルは当事務所のお客様からも年に数件ご相談があります。

freee人事労務が「給与計算ゼロ手入力」を実現する仕組み

freee人事労務では、従業員情報・勤怠データ・社会保険の等級情報をクラウド上の1つのデータベースで一元管理しています。給与計算を実行すると、これらのデータを自動で参照して計算結果を生成するため、Excelへの転記や電卓計算が不要です。

また、給与明細はシステムから従業員のスマートフォンに直接配信できます。紙の印刷・封入・配布というアナログ作業も省けるため、担当者の工数をさらに削減できます。

クラウド化前後の工数比較表（時間・ミス件数・担当人数）

当事務所でfreee人事労務を導入したお客様の事例をもとに、クラウド化前後の変化をまとめました。

項目	クラウド化前（従来）	クラウド化後（freee人事労務）
給与計算にかかる時間（月次）	6〜10時間程度	1〜2時間程度
ミス・修正対応の頻度	月1〜3件程度	ほぼゼロ
担当者人数	2〜3名	1名でも対応可
明細配布方法	紙の封入・手渡し	アプリで即時配信
会計仕訳の転記	手動入力（毎月）	自動生成・ワンクリック連携

数値は当事務所のお客様事例に基づくものです。規模や業種によって変わりますが、クラウド化の効果を実感しやすい目安としてご参照ください。

2. freee人事労務と社会保険の連携機能を完全解説

freee人事労務と社会保険連携のポイントは、健康保険・厚生年金の保険料を標準報酬月額の等級テーブルに基づいて自動計算し、等級変更も月次で自動更新できる点です。さらに算定基礎届・月額変更届のデータ作成から電子申請（e-Gov連携）まで、システム内で完結させられます。手続きのたびに役所窓口に足を運ぶ必要がなくなります。

健康保険・厚生年金保険料が自動計算される仕組み

freee人事労務は、厚生労働省が定める保険料額表（都道府県別）を内部に保持しています。従業員の標準報酬月額の等級を登録すると、その等級に対応する健康保険料と厚生年金保険料が自動的に算出されます。

雇用保険料についても、給与支給額に対して自動で計算されます。会社負担分と従業員負担分を分けて管理できるため、給与明細への反映も正確です。料率が改定される年度替わりには、freee側でシステムが自動更新されますので、手動での修正は原則として不要です。

標準報酬月額の等級変更・自動更新のタイミングと注意点

等級変更が発生するタイミングは主に3つあります。

定時決定（算定基礎）：毎年4月〜6月の報酬をもとに等級を見直し、9月から新等級が適用されます
随時改定（月額変更）：昇給・降給などで報酬が2等級以上変動した場合に随時変更します
資格取得・喪失：入社・退社時に登録または削除します

freeeでは等級変更を登録すると、翌月の給与計算から新しい保険料が自動で反映されます。注意が必要なのは、変更登録をシステムに反映させるタイミングです。給与確定後に等級を変更しても、その月の給与には反映されません。月末締めの事業所であれば、翌月の給与計算を実行する前に登録を完了させることを当事務所はおすすめしています。

算定基礎届・月額変更届をfreeeから電子申請する手順

freee人事労務では、e-Gov（政府の電子申請サービス）と連携して社会保険の各種届出を電子申請できます。おおまかな手順は以下のとおりです。

Step 1: gBizIDプライムを取得する　電子申請に必要な事業者向けIDです。取得は無料ですが、書類郵送での申請が必要なため、2〜3週間程度かかります
Step 2: freeeとe-Govを連携する　freee人事労務の設定画面から、gBizIDプライムのアカウントと連携します
Step 3: 届出データを確認する　freeeが算定基礎届や月額変更届の内容を自動作成します。内容を確認・修正したうえで申請します
Step 4: 電子申請を実行する　freeeの画面から申請ボタンを押すと、e-Gov経由で届出が送信されます
Step 5: 受付状況を確認する　申請後の受付・審査状況もfreeeの画面から確認できます

電子申請が使えると、年に一度の算定基礎届の提出も大幅に楽になります。書類を印刷して年金事務所に持参するという手間がなくなり、法人の管理コストを抑えられます。

社労士先生がfreee人事労務から電子申請することにはまだ対応していないようです。なぜ、、、？
freee人事労務からfreee人事労務からCSVファイルを出力し、給与・賞与・従業員・従業員の扶養親族情報を社労夢にインポートすることは可能です。

3. freee給与計算とfreee会計の連携で仕訳が自動生成される

freee給与計算とfreee会計の連携のポイントは、給与明細を確定するだけで会計仕訳が自動生成される点です。従来は給与計算の結果を見ながら会計ソフトに手入力していましたが、この工程がゼロになります。勘定科目と部門タグのマッピングを一度設定しておけば、毎月の転記作業は完全に不要になります。

給与明細確定 → freee会計への取引連携フロー

freee人事労務とfreee会計が連携していると、給与明細の確定・会計連携で自動でfreee会計に給与や法定福利費の発生仕訳が生成されます。具体的な流れは次のとおりです。

Step 1: 給与計算を実行する　勤怠データをもとに給与計算を行い、支給額・控除額を確定します
Step 2: 給与明細を確定する　内容を確認後、「明細を確定」ボタンを押します
Step 3: freee会計へ取引を連携する　会計連携ボタンを押すと、給与・社会保険料・所得税ごとの仕訳がfreee会計に自動登録されます
Step 4: 仕訳を確認する　freee会計側で仕訳の内容を確認します。問題がなければそのまま確定します

freee人事労務とfreee会計の両方を使っているお客様では、この連携によって月次の給与仕訳の入力時間がほぼゼロになるという声をいただいています。

勘定科目・部門タグのマッピング設定で転記ミスをゼロにする

連携仕訳の精度は、初期設定のマッピングにかかっています。freee人事労務の「会計連携設定」では、給与の項目（基本給・残業手当・通勤手当など）と勘定科目を対応づけます。

たとえば、通勤手当を「旅費交通費」にするか「給与手当」に含めるかは、会社の会計ポリシーによって異なります。この設定を最初に正確に行うことで、毎月の仕訳が自動的に正しい勘定科目で計上されます。

部門タグを使うと、営業部門・管理部門などの部門別に給与コストを集計できます。月次決算で部門ごとの採算を把握したい法人にとっては、特に有用な機能です。

役員報酬と従業員給与を分けて管理する方法

法人では、役員報酬と従業員給与は税務上の取り扱いが異なります。役員報酬は定期同額給与として設定する必要があり、勘定科目も「役員報酬」として別管理するのが一般的です。

freee人事労務では、役員と従業員を別々に登録し、それぞれに異なる勘定科目をマッピングできます。役員報酬の額は基本的には「定期同額」なので、変更手続きをした場合以外は自動計算に任せられます。不意に金額が変わってしまうリスクを防ぐためにも、役員と従業員の設定は必ず分けて管理することをおすすめします。

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4. 勤怠管理との3点連携で「入力レス」バックオフィスを作る

勤怠管理×freee給与計算×freee会計の3点連携のポイントは、従業員が打刻した時点から給与計算・仕訳生成まで人手を介さずにデータが流れる点です。打刻→集計→計算→仕訳の一連の流れが自動化されるため、担当者は「確認と承認」だけに集中できます。これが「入力レス」バックオフィスの実態です。

勤怠データが給与計算に直結する自動連携の全体像

連携の流れは次のようになります。

Step 1: 従業員が勤怠管理ツールで打刻する　スマートフォンや専用端末で出退勤を記録します（機能は弱いですが、freee人事労務にもタイムカード機能が標準で付いています）
Step 2: 勤怠データがfreee人事労務に取り込まれる　勤怠管理ツールとfreee人事労務を連携設定をしておくと、勤怠データが自動でfreeeに反映されます
Step 3: 給与計算を実行する　インポートされた勤怠データをもとに、残業代などが自動計算されます
Step 4: freee会計に仕訳が連携される　給与確定後、ワンクリックで会計仕訳が生成されます

この流れが整うと、担当者の主な作業は「勤怠データの締め作業」と「給与明細の最終確認」の2つに絞られます。

残業代・深夜手当・有給取得の自動反映と確認ポイント

freee人事労務では、労働基準法に基づく割増賃金の計算ルールをシステムに設定できます。月60時間超の時間外労働に対する50%割増や、深夜（午後10時〜午前5時）勤務の25%割増も自動で計算されます。

有給休暇については、付与日数・取得日数・残日数をfreee上で管理でき、取得した分は自動で給与に反映されます。年5日取得義務の管理にも役立ちます。

確認ポイントとして、勤怠連携ツールの「休憩時間の設定」「深夜帯の設定」がfreeeと一致しているかを初期設定時に必ずチェックしてください。ここがずれていると、残業代の計算に誤差が生じる場合があります。

freee対応勤怠管理ツールとの連携比較表

freee人事労務と連携できる主な勤怠管理ツールを比較しました。

勤怠管理ツール	連携方式	小規模法人への向き不向き	月額費用の目安
KING OF TIME	API連携（自動）	10名以上におすすめ	300円〜/人
ジョブカン勤怠管理	CSV取込またはAPI連携	5名以上におすすめ	200円〜/人
freee人事労務（内蔵機能）	ソフト内一体型	1〜20名程度に最適	プラン料金に含む
Touch On Time	CSV取込	製造業・現場系に強み	400円〜/人

従業員数が少ない法人であれば、freee人事労務に内蔵されている打刻機能を使うだけでも十分なケースがあります。コストを抑えながら3点連携を実現するには、まず内蔵機能を試してみることをおすすめします。

5. 導入前に知っておくべきコストと注意点

freee人事労務の導入コストのポイントは、従業員数に連動したプラン料金に加えて、初期設定・データ移行にも一定の時間とコストがかかる点です。特に既存の給与計算ソフトからの移行では、過去データの形式変換や社会保険情報の再登録が必要になります。gBizIDプライムの取得など、電子申請の準備にも2〜4週間程度を見込んでください。

freee人事労務の料金プランと法人規模別の目安費用

freee人事労務（2026年4月時点の公開情報に基づく）の料金体系は、従業員数に応じた月額制です。

プラン	従業員数の目安	月額費用の目安	主な機能
ミニマム	1〜3名	2,000円	固定時間制の勤怠のみ
スターター	4〜9名	3,000円	曜日・時間帯別の時給設定可
スタンダード	10〜29名	4,000円	高度な打刻機能
アドバンス	30名以上	5,500円	組織図・内部統制機能、人事レポート機能

なお、料金はfreee公式サイトで随時変更される場合があります。正確な金額は当事務所のクラウド会計サービスページまたはfreee公式サイトでご確認ください。表の月額費用は年払い金額を月換算した料金です。

既存の給与計算ソフトからの移行でつまずくポイント3選

弥生給与やマネーフォワードからの移行でよくある落とし穴を3つ紹介します。

つまずき1: 過去の給与データの移行形式が合わない　freeeはCSV形式でのインポートに対応していますが、各ソフトの出力形式がfreeeの取込形式と異なる場合があります。列の並び順や項目名を手動で合わせる作業が必要です
つまずき2: 社会保険の等級情報を再登録する必要がある　従業員ごとの標準報酬月額の等級は自動移行されません。従業員数が多い法人では、この再登録作業に相応の時間がかかります
つまずき3: 勘定科目のマッピングが既存の会計設定と合わない　freee会計側の勘定科目体系が、従来使っていたソフトと異なる場合があります。特に通勤手当の扱いや社会保険料の仕訳区分は事前に確認が必要です

弥生会計からfreeeへの移行全般については、弥生会計からfreeeに移行する全手順で詳しく解説していますので、あわせてご覧ください。

gBizIDプライム取得が必須な理由と取得手順の概要

算定基礎届・月額変更届などの電子申請を行うには、gBizIDプライム（GビズID）が必要です。これは法人・個人事業主向けの政府統合認証基盤で、一度取得すると複数の行政サービスに使えます。

取得の流れは以下のとおりです。

Step 1: GビズIDサイトで申請書を作成する　gBizID公式サイトから申請書をダウンロードし、法人情報を記入します
Step 2: 印鑑証明書とともに郵送する　法人印を押した申請書と、3ヶ月以内の印鑑証明書を郵送します
Step 3: 審査を経てID発行される　一般的に2〜3週間程度で審査が完了し、登録メールアドレスにIDが届きます

freee導入と同時にgBizIDの取得手続きを始めることをおすすめします。取得に時間がかかるため、導入から電子申請開始までのタイムラグを最小限に抑えられます。

6. freee認定税理士が伴走することで得られる3つのメリット

freee認定税理士が伴走するメリットのポイントは、社会保険料の等級チェック・月次決算への直結・初期設定支援の3点です。freeeはシステムとして優れていますが、税務・労務の観点から正しく設定・運用するには専門家のサポートがあると安心です。当事務所はfreee認定5つ星アドバイザーとして、大阪を中心に法人の導入から運用まで一貫して支援しています。

社会保険料の等級変更ミスを税理士チェックで防ぐ

社会保険料の等級変更ミスは、気づかないまま数ヶ月続くと過不足の精算が必要になります。当事務所では月次の給与仕訳確認時に社会保険の金額をチェックし、随時改定が必要なケースがあればご連絡しています。

税理士が毎月の給与データを確認することで、等級変更の見落としリスクを大幅に低減できます。

給与・会計データを月次決算に直結させて経営判断を早める

freee人事労務とfreee会計が連携すると、給与確定から数分で会計データが更新されます。当事務所ではこのデータを活用して、毎月の締め後に速やかに月次決算を提供しています。

売上・原価・人件費が月次でリアルタイムに確認できると、経営者の意思決定のスピードが変わります。「特定社員の人件費が増えているので、」「特定の部門の粗利率が下がっていることを早めにキャッチする」といった判断が、当月中に行えるようになります。月次決算でfreeeとbixidを活用する方法で詳しく解説していますので、ぜひご覧ください。

freee5つ星アドバイザーによる初期設定支援の内容

当事務所は、freeeが認定する最高評価の「5つ星アドバイザー」です。freeeの初期設定支援では、次の内容をご提供しています。

勘定科目・部門タグのマッピング設定
社会保険情報・従業員情報の初期登録サポート
勤怠管理ツールとの連携設定
gBizIDプライムの取得フローのご案内
算定基礎届・月額変更届の電子申請操作説明
freee会計との仕訳連携確認

導入後も顧問契約として月次の給与チェック・月次決算・税務申告まで一貫してサポートいたします。大阪近郊（本町・難波・天満橋など）の法人様はもちろん、オンラインでの対応にも対応しています。freee導入を支援する大阪の税理士についてもご覧ください。

まとめ：freee給与計算自動化で毎月の経理工数を大幅に削減する

freee人事労務による給与計算自動化のポイントをまとめます。

勤怠・給与・社会保険・会計仕訳の4工程を一元管理し、毎月の手入力をほぼゼロにできる
健康保険・厚生年金の保険料は標準報酬月額の等級テーブルで自動計算される
算定基礎届・月額変更届はfreeeからe-Gov経由で電子申請できる（gBizIDプライムが必要）
freee会計と連携すると、給与確定と同時に仕訳が自動生成される
勤怠管理ツールとの3点連携で「入力レス」バックオフィスを実現できる
移行時のつまずきを避けるには、過去データの変換・等級情報の再登録・勘定科目マッピングの3点に注意が必要
freee認定5つ星アドバイザーの税理士が伴走することで、設定ミスと税務リスクを同時に抑えられる

freee給与計算の導入・移行に関するご相談は、当事務所にお気軽にどうぞ。初回30分のWeb面談は無料で承っています。

freee給与計算の導入相談をWeb面談で申し込む（初回30分無料）

よくある質問（FAQ）

freee給与計算・社会保険連携に関するよくある質問をまとめました。

Q1. freee給与計算は何人から利用できますか？

freee人事労務は1名からご利用いただけます。役員1名だけの法人でも、給与計算・役員報酬管理・年末調整などの機能を活用できます。従業員数が増えても同じシステムを使い続けられるため、成長とともにスケールアップが可能です。

Q2. 社会保険料の等級が変わった場合、freeeは自動で反映されますか？

等級の変更はfreee上での手動登録が必要です。ただし、登録後の保険料計算は自動で更新されます。算定基礎届を電子申請すると、保険者（年金事務所）から通知される新等級をfreeeに登録する作業が発生します。登録タイミングを誤ると翌月以降の給与計算に影響しますので、等級変更の際は当事務所にご確認いただくことをおすすめしています。

Q3. 給与計算の結果は自動でfreee会計に仕訳されますか？

freee人事労務とfreee会計を連携している場合、給与明細を確定後に「会計に連携」ボタンを押すだけで仕訳が自動生成されます。手動入力は不要です。勘定科目・部門タグのマッピングを初期設定しておくことで、毎月の転記作業をゼロにできます。

Q4. 算定基礎届や月額変更届はfreeeから電子申請できますか？

freee人事労務はe-Govと連携しており、算定基礎届・月額変更届をシステム内から電子申請できます。電子申請にはgBizIDプライムの取得が必要です。取得には書類郵送での手続きが必要で、発行まで2〜3週間程度かかりますので、早めの準備をおすすめします。

Q5. freeeと連携できる勤怠管理ソフトはどれですか？

freee人事労務はKING OF TIME・ジョブカン勤怠管理・Touch On Timeなど多数の勤怠管理ツールと連携できます。API連携（自動同期）とCSV取込の2方式があり、ツールによって対応方式が異なります。従業員数が少ない場合は、freee人事労務に内蔵されている打刻機能を活用すると追加費用なしで勤怠連携が実現できます。

Q6. 弥生給与からfreee人事労務に移行する場合、何が大変ですか？

主に3点が大変です。第一に、過去の給与データをCSVに変換してfreee形式に合わせる作業。第二に、従業員ごとの標準報酬月額の等級情報を手動で再登録する作業。第三に、会計連携の勘定科目マッピングを弥生時代の設定に合わせて再現する作業です。弥生会計からfreeeに移行する全手順も参考にしてください。

Q7. freee認定5つ星アドバイザーとは何ですか？

freee認定アドバイザーはfreeeが認定する専門家の称号で、その中で最高評価が「5つ星」です。導入支援の実績・専門知識・顧客満足度などを総合的に評価して認定されます。当事務所（蟹山昇宏税理士事務所）はこの5つ星認定を取得しており、freeeの初期設定から運用支援・税務申告まで一貫したサポートを提供しています。

この記事の著者

蟹山昇宏（かにやまのりひろ）｜税理士
近畿税理士会所属（登録番号138494号）。蟹山昇宏税理士事務所代表。大阪市中央区安土町（本町駅徒歩3分）。freee認定5つ星アドバイザー、bixider認定事務所、認定経営革新等支援機関。中小企業の節税・freee導入・資金調達を一貫して支援。「わかりやすく、ていねいに」がモットー。

カテゴリー: freee