蟹山昇宏税理士事務所（大阪・本町）が解説します。
電子帳簿保存法とは、国税関係の帳簿・書類をデータのまま保存することを認める法律です。2024年1月以降、電子取引で受け取った請求書や領収書のデータ保存が義務化されました。
「freeeを使っているけど、電子帳簿保存法への対応が本当に完了しているのか自信がない」
「ファイルボックスに領収書をアップロードしているが、二重計上になっていないか不安だ」
「優良電子帳簿の届出をすると何が得になるのか、税理士に聞かないとわからない」
このような悩みをお持ちの大阪の中小企業経営者・経理担当者の方は多いです。国税庁は2024年1月から電子取引データの電子保存を義務化しました。所得税法・法人税法上の保存義務者はすべて対象となります。一方で、「何をどこまでやれば合格か」を正確に把握している担当者は多くないのが実情です。
この記事では、freeeのファイルボックスを軸に、電子帳簿保存法の3区分それぞれへの具体的な対応手順を画面操作レベルで解説します。二重計上を防ぐ消込手順や優良電子帳簿の届出まで、実務で使える情報をまとめました。
電子帳簿保存法とfreeeの関係｜2024年義務化で何が変わったか
freeeは電子帳簿保存法の3区分すべてに対応しており、適切に設定・運用すれば法的要件を満たせます。2024年1月に電子取引データ保存が完全義務化されましたが、「相当の理由」がある事業者には猶予措置も設けられています。freeeユーザーは、まずファイルボックスの運用ルールを整備することが最優先の対応です。
電子帳簿保存法の3つの区分を整理する
電子帳簿保存法は、保存する書類の種類によって3つの区分に分かれています。freeeがどの区分に対応しているかを把握することが、対応の第一歩です。
| 区分 | 対象となる書類 | freeeの対応機能 | 義務／任意 |
|---|---|---|---|
| 電子取引 | メール・ネットで授受したPDF・画像データ（請求書・領収書など） | ファイルボックス | 義務 |
| 電子帳簿・電子書類 | 会計ソフトで作成した帳簿・決算書類 | freee会計本体 | 任意 |
| スキャナ保存 | 紙の書類をスキャン・撮影した画像データ | ファイルボックス | 任意 |
3区分のうち、中小企業が最優先で対応すべきなのは「電子取引」です。取引先からメールで届いたPDFの請求書・Webサイトからダウンロードした領収書などが対象になります。これらを印刷して紙で保存する行為は、2024年1月以降は認められていません。
2024年の改正で変わった点と猶予措置
2022年改正で設けられた「宥恕（ゆうじょ）措置」は、2023年12月31日をもって廃止されました。ただし、新たに「相当の理由」がある場合の猶予措置が設けられています。
猶予措置を受けるための条件は2つです。①税務調査などでデータのダウンロードを求められた場合に対応できること、②出力した書面の提示・提出にも応じられること。この2条件を満たせば、事前申請なしで猶予措置の対象になります。
猶予措置はあくまでも暫定的な取り扱いです。当事務所の経験では、電子取引の対応が完了していると自信を持って言える中小企業はまだ少数にとどまっています。早期の対応完了が望ましい状況です。
freeeが対応している要件の全体像
freeeは、電子帳簿保存法の主要な要件に標準機能で対応しています。具体的には、検索機能（取引日・取引先・金額）、訂正削除履歴の自動記録、帳簿間の相互関連性（仕訳番号による紐づけ）の3点が挙げられます。
freeeを活用した経理の自動化について、さらに詳しく知りたい方はfreee導入で経理が劇的に変わる方法もあわせてご覧ください。
freeeのファイルボックスで電子取引データを保存する方法
ファイルボックスに受け取ったPDFや画像を「取引日・取引先・金額」と紐づけて保存すれば、電子帳簿保存法の検索要件を自動的に満たせます。freeeは「訂正・削除の履歴が残るシステム」に該当するため、タイムスタンプの付与は不要です。これがfreeeを使う最大のメリットの一つです。
電子取引データ保存の「真実性確保」4つの方法とfreeeの位置づけ
電子取引データ保存には、データが改ざんされていないことを証明する「真実性の確保」が求められます。法令上、真実性の確保方法は4つ用意されています。
- タイムスタンプが付いた状態でデータを受領する
- 受領後、速やかにタイムスタンプを付与する
- 訂正・削除の履歴が残るシステム、または訂正・削除ができないシステムを利用する（← freeeはここに該当）
- 改ざん防止のための事務処理規程を策定・運用する
freeeはクラウド上でデータを管理し、仕訳の変更履歴を自動で記録します。そのため、4つの方法のうち「方法③」に該当します。タイムスタンプの付与も、事務処理規程の策定も不要で、最もシンプルに要件を満たせる方法です。当事務所のお客様でも、freee導入後はこの点をご説明するだけで安心いただけるケースが多いです。
ファイルボックスへのアップロード手順
freeeのファイルボックスに電子取引データを保存する手順は、以下のとおりです。
- Step 1: freeeにログイン → 上部メニュー「取引」→「ファイルボックス」を開く
- Step 2: 「ファイルをアップロード」をクリックし、保存したいPDF・画像ファイルをドラッグ＆ドロップする
- Step 3: 右側のパネルで「取引日」「取引先」「金額」「勘定科目」を入力する
- Step 4: 「登録する」ボタンを押し、取引と書類を紐づけて保存完了
登録後はファイルボックス上でファイル名・取引日・取引先名での検索が可能になります。国税庁が定める「検索機能の確保」要件は、この操作だけで満たせます。
売上高5,000万円以下の中小企業は検索要件が免除される
基準期間（前々事業年度）の売上高が5,000万円以下の事業者は、電子取引データ保存における検索要件が免除されます。ただし免除を受けるには、税務調査などでデータのダウンロードを求められた場合に速やかに対応できることが条件です。
多くの中小企業はこの免除対象に該当します。それでも取引との紐づけ自体は行っておくと、日常の経理業務でも書類が探しやすくなるため、当事務所ではファイルボックスへの登録を推奨しています。
二重計上を防ぐ正しい手順｜freee税理士が見た最もよくあるミス
freeeのファイルボックスを使う際に最もよくあるミスは、自動生成された仕訳候補と手動入力済みの取引が重複する「二重計上」です。アップロード後に「登録する」を押す前に、同一取引がすでに入力されていないかを確認する手順が重要です。二重計上になっている場合、帳簿に同じ取引が2回記録され、利益が低く計上（税額が低く）され、税務調査で指摘されるリスクがあります。
なぜ二重計上が起きるのか｜ファイルボックスと「自動で経理」の仕組み
freeeのファイルボックスにファイルをアップロードすると、freeeが自動で日付・金額・勘定科目名を推測し、仕訳を表示します。仕訳が合っていれば、登録を行います。この仕組み自体は便利ですが、同一の取引を「自動で経理」していた場合に問題が起きます。
たとえば、クレジットカードの明細取込ですでに経費として登録済みにもかかわらず、領収書PDFをファイルボックスにアップロードして「登録する」を押してしまうと、同じ経費が2回帳簿に記録されます。当事務所の実績では、freee導入直後のお客様の約3割がこの二重計上を経験しています。
二重計上を防ぐための確認手順
以下の手順を守ることで、二重計上を防げます。
- Step 1: ファイルボックスにアップロード後、すぐに「登録する」を押さない
- Step 2: 「自動で経理」画面を開き、同一の取引日・取引先・金額の仕訳候補がないか確認する
- Step 3: 既に入力済みの取引がある場合は、候補を「除外」し、入力済み取引の編集画面からファイルを「添付ファイル」として紐づける
- Step 4: 手動入力がない場合のみ、「登録する」ボタンで新規登録する
この4ステップを経理担当者全員が共有するだけで、二重計上リスクを大幅に減らせます。
二重計上が発生した場合の修正手順
すでに二重計上が発生してしまった場合は、重複している仕訳を特定して削除する必要があります。freeeの取引一覧から同一条件の仕訳を絞り込み、不要な方を削除してください。（基本的には、「自動で経理」を残す）詳しい修正手順はfreeeで会社の経理を自動化する方法まとめで解説しています。
未決済取引の消込を正しく行う方法｜帳簿ズレを防ぐ手順
ファイルボックス経由で登録した取引と、買掛金・未払金として登録した未決済取引を正しく対応させることが帳簿精度の鍵です。消込は「取引の編集」画面の「決済登録」から行います。この手順を省略すると未払金残高が残り続け、決算時に帳簿がずれます。
未決済取引とは何か
freeeでは、請求書を受け取った時点で「未払金」や「買掛金」として取引を登録し、実際に支払いが完了した時点で「決済登録」を行う運用が基本です。支払い前の状態が「未決済取引」であり、決済登録をすることを「消込」と呼びます。
ファイルボックスにPDF請求書をアップロードして取引と紐づけた場合も、未決済のまま残ることがあります。消込を忘れると、未払金残高が実態と合わなくなります。
ファイルボックス経由で登録した取引の消込手順
- Step 1: 「支払管理レポート」一覧から対象の未決済取引を確認する（決済状況が「未決済」になっているものを確認）
- Step 2: 自動で経理の画面で「決済取引の消込」ボタンをクリックし、消込データをチェックする。
- Step 4: 「登録」ボタンで消込完了。消込されているかを確認する（支払管理レポートや総勘定元帳など）
月次で未決済残高の一覧を確認する習慣をつけると、消込漏れを早期に発見できます。当事務所では月次決算のチェックリストに、この確認項目を必ず含めるようお客様にお伝えしています。
消込ミスで帳簿がずれた場合の修正方法
消込漏れや誤った消込によって帳簿がずれた場合は、対象取引の決済情報を削除してやり直すことが基本です。月次での確認を定期的に行うことで、決算前にまとめて修正するような状況を避けられます。
freeeの電子帳簿保存法対応でお困りなら、初回30分無料のWeb面談でご相談ください。蟹山昇宏税理士事務所（大阪・本町）が設定から運用ルールの整備まで、実務レベルでサポートします。
freeeで優良電子帳簿の要件を満たす方法
優良電子帳簿とは、通常の電子帳簿の要件に加え、①訂正削除履歴の記録、②帳簿間の相互関連性、③検索機能の3つの追加要件を満たした帳簿のことです。freeeはクラウドで仕訳データを管理するため、これらの要件を標準機能で満たせます。ただし過少申告加算税の軽減を受けるには、法定申告期限までに届出書の提出が必要です。
優良電子帳簿の3つの追加要件とfreeeの対応状況
優良電子帳簿と認められるためには、通常の電子帳簿等保存の要件に加え、次の3つの追加要件をすべて満たす必要があります。freeeの優良電子帳簿機能との対応状況を表で確認してください。
| 追加要件 | 内容 | freeeの対応 |
|---|---|---|
| 訂正削除履歴の記録 | 訂正・削除の年月日・前後の記録事項・実施者を自動保存 | ✅ 仕訳の変更履歴を自動記録 |
| 帳簿間の相互関連性 | 仕訳帳から総勘定元帳への追跡が可能 | ✅ 仕訳番号で自動連携 |
| 検索機能 | 取引日付・勘定科目・金額・取引先名で検索可能 | ✅ 標準の検索機能で対応 |
freeeはクラウド上で仕訳データの訂正削除履歴を自動記録し、帳簿間の相互関連性や検索機能も備えています。これらの機能により、優良電子帳簿の3要件を満たすことが可能です。追加のシステム費用は発生せず、現状のfreeeをそのまま使うだけで要件に対応できます。
freee会計では、「優良電子帳簿機能をON」にして記録すれば、電子帳簿保存法上の要件を満たした「優良電子帳簿」として下記のメリットを受けることができます。
過少申告加算税の5%軽減措置と届出手続き
優良電子帳簿として保存している場合、修正申告や更正が行われた際に課される過少申告加算税が5%軽減されます。通常は過少申告加算税が10〜15%課されるところ、5%分が軽減されるのは実質的なメリットです。
ただし軽減措置を受けるには、法定申告期限までに「国税関係帳簿の電磁的記録等による保存等に係る65条の5第1項の規定の適用を受ける旨の届出書」を所轄の税務署に提出する必要があります。届出を忘れると、要件を満たしていても軽減措置は適用されません。対象帳簿は仕訳帳・総勘定元帳などの主要な国税関係帳簿です。
優良電子帳簿と一般電子帳簿の違い
一般電子帳簿は「電磁的記録による保存」の基本要件を満たした帳簿で、検索・見読性・真実性の各要件を充足する必要があります。優良電子帳簿はそれに加えて前述の3つの追加要件が必要です。freeeは両方の要件を満たしていますが、軽減措置を受けるには届出が必要な点が大きな違いです。
他の会計ソフトからfreeeへの移行を検討している方は、弥生会計からfreeeへの移行を完全解説もご参照ください。
スキャナ保存の要件をfreeeのファイルボックスで満たす方法
紙の領収書・請求書をスキャン・撮影してファイルボックスに保存する場合、解像度200dpi以上・カラーでの読み取りが必要です。改正後はタイムスタンプの付与期限が「最長約2か月＋概ね7営業日以内」に緩和されました。さらにfreeeのような訂正削除履歴が残るシステムでは、タイムスタンプの付与自体が不要です。
スキャナ保存の要件チェックリスト
スキャナ保存を行う前に、以下の要件を確認してください。
- 解像度: 200dpi以上で読み取る
- 階調（色）: 契約書・領収書など重要書類はカラー。一般書類はグレースケール可
- タイムスタンプ: 最長約2か月＋概ね7営業日以内に付与（freeeなど訂正削除履歴が残るシステムを使う場合は不要）
- 入力者情報の記録: スキャンした担当者の情報を記録できる体制を整える
- バージョン管理: 元のデータを上書きしない運用ルールを設ける
freeeでタイムスタンプが不要になる理由
スキャナ保存においてタイムスタンプが不要になる条件は、「訂正または削除の履歴が残るシステム、あるいは訂正・削除ができないシステムを利用すること」です。freeeはクラウド上で仕訳データと添付ファイルを管理し、変更履歴を自動で記録します。そのため、この条件を満たすと判断されます。
ただしfreee公式ヘルプでの最新情報の確認を推奨します。法令改正やfreeeのシステム仕様変更によって、要件への対応状況が変わることがあります。当事務所では顧問先のfreee設定を定期的に確認し、要件充足状況をチェックしています。
大阪の中小企業が陥りやすいスキャナ保存のミス
当事務所がよく見かけるミスは、スマートフォンで撮影した領収書の画像が200dpi未満で解像度不足になるケースです。特に手ブレや暗い場所での撮影は画質が落ちやすいため、freeeのスマホアプリで撮影する際は明るい場所でしっかり固定することをおすすめします。scansnap2500などのスキャナーでスキャンすることをおすすめしています。
大阪の中小企業向けの節税対策については、大阪の中小企業向け節税対策もあわせてご覧ください。
freee電子帳簿保存法対応チェックリスト｜大阪の税理士が確認ポイントを整理
中小企業は義務対応である電子取引データ保存を最優先で整備し、余力があればスキャナ保存・優良電子帳簿の届出へと段階的に進める順序がおすすめです。一度に全部対応しようとすると現場が混乱しやすいため、フェーズを区切って進めることが実務上のポイントです。
義務対応と任意対応を整理する
| 対応種別 | 義務／任意 | freeeの設定箇所 | 優先度 |
|---|---|---|---|
| 電子取引データ保存 | 義務 | ファイルボックス | 最優先 |
| スキャナ保存 | 任意 | ファイルボックス | 中 |
| 電子帳簿等保存 | 任意 | freee会計本体 | 中 |
| 優良電子帳簿の届出 | 任意 | freee会計＋税務署届出 | 余力があれば |
対応の優先順序ロードマップ
電子帳簿保存法への対応は、次の3フェーズで進めることをおすすめします。
- Phase 1（義務・最優先）: 電子取引データ保存の整備。受け取ったPDF・画像をファイルボックスに取引と紐づけて保存するルールを社内で策定・周知する
- Phase 2（任意・余力があれば）: スキャナ保存の整備。紙の領収書をスキャンしてファイルボックスに保存するフローを構築する
- Phase 3（任意・さらに余力があれば）: 優良電子帳簿の届出。届出書を法定申告期限までに所轄税務署へ提出し、過少申告加算税の軽減措置を受ける体制を整える
今後の動向と税理士に相談すべきタイミング
令和7年度税制改正では、請求書等を帳簿に自動連携する仕組みに対応した新制度が新設される予定です。令和9年（2027年）1月1日以後の適用が見込まれています。freeeユーザーにとっては、今後のシステムアップデートによって対応が自動化される可能性があります。当事務所では最新の税制改正情報を定期的にキャッチアップし、お客様へ迅速にお伝えしています。
以下のような状況では、早めに税理士への相談をおすすめします。
- freeeの設定をどこから始めればよいかわからない
- 自社の電子取引の範囲（何が対象になるか）を整理したい
- 優良電子帳簿の届出をすべきかどうか判断したい
- 税務調査が入った場合に備えて証拠書類を整理したい
freee経理の全体的な自動化についてはfreeeで会社の経理を自動化する全手順まとめもご参照ください。また、売掛金管理の自動化にはfreeeインボイス・売掛金管理を自動化する方法も参考になります。
よくあるご質問
Q1. freeeを使っていれば電子帳簿保存法の対応は自動的に完了しますか？
A. freeeを導入するだけでは対応完了にはなりません。電子取引データ保存は、取引先から受け取ったPDFなどをファイルボックスに取引と紐づけて保存する「運用ルールの徹底」が必要です。ソフトの導入と運用の定着は別々に取り組む必要があります。
Q2. ファイルボックスにアップロードした領収書の紙の原本は捨ててよいですか？
A. スキャナ保存の要件（解像度200dpi以上・カラー・最長約2か月＋概ね7営業日以内のタイムスタンプ付与）を満たした場合は、紙の廃棄が可能です。ただし要件を満たさずにアップロードしただけでは、紙の保存義務は引き続き残ります。要件を満たしているかどうか、一度ご確認ください。
Q3. 「自動で経理」とファイルボックスを同時に使うと二重計上になりますか？
A. 同一取引を手動入力済みの場合、ファイルボックスのアップロード後に「登録する」を押すと二重計上になります。正しい手順は、「自動で経理」画面で候補を「除外」し、入力済み取引にファイルを添付するかたちで紐づけることです。この確認手順が二重計上防止の要です。
Q4. freeeの優良電子帳簿の届出はすべての中小企業がすべきですか？
A. 届出は任意です。過少申告加算税が5%軽減されるメリットがありますが、届出後は帳簿品質の維持が求められます。優良電子帳簿の要件を満たすためには、「法定申告期限までに適用届出書を税務署へ提出することが必要」です。メリットとコスト（管理の手間）を比較して判断することをおすすめします。
Q5. 電子取引データ保存の要件を満たさない場合、どうなりますか？
A. 主なペナルティは2つです。①電子データに関し隠蔽・仮装がある場合、重加算税が10%加重されます（電子帳簿保存法第8条の5）。②電子帳簿保存法の保存義務違反により、青色申告の承認が取り消される可能性があります。ただし「相当の理由」がある場合は猶予措置が設けられており、ダウンロード対応と書面提示に応じられれば適用を受けられます。
Q6. freeeのファイルボックスはどのプランから使えますか？
A. freee会計のすべてのプランでファイルボックスを利用できます。プランによって機能に差がありますので、最新情報はfreee公式サイトでご確認ください。当事務所のお客様には、プラン選びもあわせてご相談に対応しています。
まとめ｜freeeで電子帳簿保存法に正しく対応するために
この記事のポイントをまとめます。
- 義務対応はファイルボックスが中心: 電子取引で受け取ったPDF・画像を取引と紐づけて保存することが2024年1月から義務。freeeのファイルボックスで対応できる
- タイムスタンプ不要で最もシンプル: freeeは訂正削除履歴が自動記録されるため、タイムスタンプなし・事務処理規程なしで真実性要件を満たせる
- 二重計上防止が最重要の実務ポイント: ファイルボックスにアップロード後、すぐに「登録する」を押さず、既存の入力確認を先に行う手順が必須
- 優良電子帳簿は任意だが届出が必要: freeeは標準機能で要件を満たすが、過少申告加算税5%軽減を受けるには法定申告期限までに届出書を税務署へ提出する必要がある
「自社の対応状況を確認したい」「ファイルボックスの設定を一から整備したい」とお考えの方は、ぜひ当事務所にご相談ください。freee認定5つ星アドバイザーとして、設定から運用ルールの策定まで画面操作レベルでサポートします。
著者情報
蟹山 昇宏（かにやま のりひろ）｜税理士
近畿税理士会所属（登録番号138494号）。蟹山昇宏税理士事務所 代表。大阪市中央区安土町（本町駅徒歩3分）。freee認定5つ星アドバイザー、bixider認定事務所、認定経営革新等支援機関。中小企業の節税・freee導入・資金調達を一貫して支援。「わかりやすく、ていねいに」がモットー。